研究院实行理事会领导下的院长负责制，设立专家委员会作为研究院的技术咨询机构。

1、理事会

理事会是研究院的领导机构，主要职责是：审定研究院发展规划、年度工作计划（目标）和经费预决算；聘任研究院院长、副院长；审定研究院薪酬制度和负责人的薪酬待遇；考核研究院运行绩效；审议研究院重大事项；

2、管理团队

管理团队由院长、副院长组成，是理事会的执行机构，对理事会负责。

院长：负责研究院的整体战略规划、发展方向、重大决策和对外代表。

副院长：协助院长管理研究院日常事务，负责特定领域的工作，如科研、教学、产业合作等。

3、专家委员会

       专家委员会是本院的技术咨询机构，主要由国内外储能领域知名的技术、管理、政策研究等专家组成，主要负责制定研究院的技术发展方向，并根据行业发展趋势提出规划和建议等。专家委员会实行聘任制，聘期三年，设主任委员1名，由理事会提名，济宁职业技术学院聘任；副主任委员、委员若干名，由院长会同专家委员会主任委员聘任。